存根联滞留的原因无非以下
* a& v" s- t/ h1 [) N" W其一，购入商品作为固定资产使用，这是无法抵扣的。- i# i* Q- \1 k" H( Z
其二，因为种种原因，包括退货，折让，文字错误，帐期过长等，造成初次开具发票不能抵扣，需要红字冲销，重新开具发票的，会形成滞留票。这很大程度是税务系统的技术问题。4 U7 w+ U4 f$ H: T; m
第三，商家隐瞒销售收入，或者未将某些视同销售项目归入应纳税额，相应的也未对这部分商品进项税额进行抵扣。这算是偷漏税款了。
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前年国税总局就对商贸企业做过专项核查，我找了当时的文件贴在下面。
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% r) H# ]3 D( R( S7 V. z国家税务总局
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关于开展增值税专用发票存根联滞留专项核查工作的通知
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文号: 国税函[2006]1277号 发文单位: 国家税务总局 发文日期: 2006-12-28
/ [$ N) Z$ f+ j. r- H各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局：
3 l# k6 X4 D, |% S/ v 近期，税务总局在对金税工程增值税信息系统数据分析过程中发现，系统中存在大量增值税专用发票存根联滞留（以下简称“存根联滞留票”）信息。据调查了解，除因购货方为小规模纳税人、免征增值税企业或非增值税纳税人、购货方购进货物为固定资产或用于非应税项目、购货方在认证之前发生退货、销货方因未收到购货款将开具的专用发票没有交给购货方等正常原因造成增值税专用发票存根联大量滞留外，还存在购货方为了达到隐瞒销售收入的目的，对取得的专用发票不向税务机关申请认证抵扣进项税，导致增值税专用发票存根联大量滞留。这种现象在商贸企业中较为严重。为此，税务总局决定对存根联滞留票异常的商贸企业开展专项核查，现就有关要求通知如下：
6 p; |2 r4 z& j 一、存根联滞留票的定义
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存根联滞留票是指销货方已申报而购货方超过90天未认证抵扣进项税，稽核系统内有存根联数据而无相对应抵扣联数据的增值税专用发票。
$ W" \: h! R0 M x3 } 二、存根联滞留票核查的目的
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通过核实购货方增值税一般纳税人未认证抵扣进项税的原因，检查其是否存在隐瞒销售收入的问题。
) K1 V E( ^# z" s" `/ J1 J4 [9 b3 r 三、核查对象
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2006年1月1日至10月31日，有存根联滞留票且存根联滞留票金额占其全部进项发票金额（滞留发票与认证抵扣的进项发票之和，下同）比例较大的商贸企业的存根联滞留票（具体核查名单和存根联滞留票信息由税务总局下发）。
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四、核查工作步骤
6 h* B; h6 l% p" `. m. e( {+ I! [ （一）确定核查企业名单
+ I7 N9 ?; x1 F+ C5 C. ], N6 d6 t 1.2007年1月10日前税务总局从稽核系统中提取数据，产生分省核查企业名单和分企业存根联滞留发票明细信息。
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2.ctais征管信息系统数据尚未集中到税务总局的湖北、江苏两省于2007年1月5日前通过“总局 ftp://center/流转税司/申报评估处/存根联滞留发票核查/名单确认”目录下载待确认名单，补充nsrmc（纳税人名称）、swjg_dm（纳税人所属税务机关代码）两字段信息后，于2007年1月9日前将所确定的核查商贸企业名单通过上述目录上报税务总局。
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3.2007年1月10日前税务总局将购货方核查企业名单及购货方存根联滞留发票明细、销货方协查发票明细信息通过“总局 ftp://center/流转税司/申报评估处/存根联滞留发票核查/”清分至购销双方所在地的省税务机关。
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基层税务机关税源管理部门接到税务总局下传的销货方协查发票明细信息后，按照本通知第二条要求及时开展发票协查工作。接到税务总局下传的购货方核查企业名单及购货方存根联滞留发票明细信息后，做好存根联滞留发票异常企业核查的准备工作。
% O+ y7 L2 @5 q （二）销货方税务机关协查
$ z4 }2 g0 l# R* J 2007年1月11日至2007年2月11日，销货方主管税务机关税源管理部门根据税务总局下发的协查存根联滞留发票信息，按照《增值税存根联滞留票销货方协查单》（见附件1）规定的内容，对每张存根联发票的开具情况进行实地调查取证，根据调查结果登陆税务总局内部网
http://130.9.1.55：7005填写或上传《销货方税务机关存根联滞留发票协查结果情况表》（见附件2），上报截止日期2007年2月11日。
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（三）购货方税务机关核查
: `3 V: X* D1 `- K 2007年2月15日前税务总局对《销货方税务机关存根联滞留发票协查结果情况表》的信息按购货方进行归集整理后，通过
http://130.9.1.55：7005清分至购货方省税务机关。
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2007年2月16日至4月30日，购货方税务机关税源管理部门，结合税务总局下传的存根联滞留发票协查结果，对存根联滞留异常企业进行核查。
3 a: x& R% p! x. Y" @ （四）核查工作总结暨统计报表上报
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2007年5月15日前，各省应将核查工作总结及《存根联滞留发票购货方核查结果情况表》（表格样式及填表说明见附件3、4）上报税务总局，工作总结的电子文档上传至“总局 ftp://center/流转税司/申报评估处/存根联滞留发票核查”目录下，《存根联滞留发票购货方核查结果情况表》通过登陆税务总局内部网
http://130.9.1.55：7005直接填写或上传。
# @' f, E% `3 n6 G) [五、核查工作组织
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此次核查由税务总局统一部署，各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局的流转税管理部门牵头组织，征管、稽查、法规、信息中心等有关部门配合。基层税源管理部门负责组织具体核查，稽查部门负责查处税源管理部门移交的达到立案标准的税收违法案件。
" x' H5 r* |8 c 六、核查工作要求
. G1 ?& c" @+ R4 m J: p& H! [ （一）核查存根联滞留票，目的是为了核实企业纳税申报的真实性。各级税务机关必须按照税务总局规定的核查工作步骤及时间要求，认真开展存根联滞留票的核查与协查工作，及时反馈各项结果信息，确保此项工作落到实处。
+ e. i" G) z& m- ]2 A （二）销货方税务机关在协查过程中，应保证取证资料与原件内容相符，在取证复印件的空白处注明取证来源、并有企业财务负责人的签字，加盖企业公章，税务机关具体的协查人签字。销货方税务机关还应妥善保管调查取证资料，当购货方税务机关核查时，应及时提供《增值税存根联滞留票销货方协查单》和相关取证资料。
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（三）购货方税务机关税源管理部门应严格按照《纳税评估管理办法》（国税发〔2005〕43号）规定的程序和评估方法，要求纳税人提供相关证据，逐一说明每张滞留票未申请认证抵扣进项税的原因，对其纳税申报情况的真实性进行审核，对核查发现的涉税违法行为，应依法进行处理，达到立案标准的，应移交稽查部门进行处理。各级税务机关必须严格执行现行增值税专用发票使用管理的有关规定，任何部门和个人不得为企业开脱责任，提供虚假证据，违者一经查实将严肃处理。
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附件：1.存根联滞留票销货方协查单
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2.销货方税务机关存根联滞留票协查结果情况表
, `2 f+ Z- v. x" L6 ^: Q# R2 b8 n% T 3.存根联滞留票购货方核查结果情况表
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4.《存根联滞留票购货方核查结果情况表》填表说明
! H6 S# V& l5 Z' X! o1 H6 K# f 国家税务总局
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二○○六年十二月二十八日
